肯尼迪1960年选上美国总统，1961年1月就职，同年4月发生“猪湾事件”。因此以讹传讹，很多人相信肯尼迪与中情局要暗杀卡斯特罗脱离不了关系。美国杂志有关肯尼迪兄弟俩与有关中情局暗杀卡斯特罗事件的关系作出报道，称肯尼迪与卡斯特罗惺惺相惜，识英雄重英雄。

　　肯尼迪和他时任司法部长的弟弟罗伯特・肯尼迪(RobertKennedy)逐渐地相信中情局不仅无能，而且是个行事“流氓作风”的单位。在“猪湾事件”，特别是古巴导弹危机都过去之后，肯尼迪似乎更关心如何将古巴问题从国内政治难题的名单上解决掉，因为右派政客们经常藉此吵吵闹闹。

　　一些极端人士在暗中使力对抗卡斯特罗，其中一件就是中情局秘密勾结黑手党要暗杀卡斯特罗。中情局进行此件阴谋，早在肯尼迪政府接任前即已经筹划。罗伯特・肯尼迪可以说是政府对付有组织犯罪的先锋，他于1962年5月听到两名中情局官员“胆怯地”作此报告之后，立即下令停止此项勾当。但是，事后证明肯尼迪两兄弟有太多的事情被中情局瞒骗，当时的中情局欺上瞒下地干了许多阴暗的事情。

　　罗伯特・肯尼迪在司法部长时的行政助理谢晋菲勒(JohnSeigenthaler)，后来转任《田纳西人报》(TheTennessean)的发行人。他像该杂志说，“当时我认为中情局仍在自作主张地干一些龌龊的事情。他们被007情报员的外在形象所眩惑，我们则是被现实的冷战状态拘束住。他们显然要演出一些‘角色’，但是我不认为肯尼迪兄弟会相信那些中情局人员的话。我们想找出途径跳出冷战，但中情局绝对不想这样。”

　　值得一提的是，卡斯特罗从未对美国企图多次暗杀他，谴责过肯尼迪一句话。多年之后，罗伯特・肯尼迪的遗孀艾丝尔(Ethel)到哈瓦那旅游，见到了卡斯特罗，她为了“确认”，就对卡斯特罗说：“杰克(肯尼迪总统小名)和鲍比(罗伯特・肯尼迪小名)，与暗杀你的阴谋，没有一点关系。”高大的卡斯特罗低下头看着艾丝尔说：“我知道。”卡斯特罗能逃过多次暗杀，是他在美国境内广布眼线之功，他对着肯尼迪家族的人这么说，绝不是敷衍了事的。

　　肯尼迪总统时代，美国与古巴之间有着激烈的摩擦，但卡斯特罗以后曾宣称：肯尼迪有潜力可以成为美国历史上最伟大的总统。相信这也不是他的外交辞令。

　　另外，一项网上调查显示，在过去43年里，关于肯尼迪遇刺的内幕至少有36种不同的版本，但至今没有一种版本真正令人信服。其中有一项说法与古巴卡斯特罗有关。据英国媒体独家披露，刺客奥斯瓦尔德从007间谍小说《来自俄罗斯的爱情》一书中，找到了他与书中人物的共同点。书中有一个在日本工作、名叫红色格朗特的人，此人一直梦想叛逃出日本，而奥斯瓦尔德则一直梦想叛逃出美国，此前他曾经试图偷渡到中美或古巴，但计划失败了。

　　威尔曼教授认为：“在看过007小说两个月后，奥斯瓦尔德就执行了行刺肯尼迪的计划。刺杀肯尼迪也许是奥斯瓦尔德一时冲动的决定，他一厢情愿地以为，刺杀肯尼迪也许可以作为他向古巴赠送的一个礼物，以便在自己叛逃出美国后，梦想古巴能够收留自己。”